{"id":11263,"date":"2025-12-12T17:52:01","date_gmt":"2025-12-12T16:52:01","guid":{"rendered":"https:\/\/spgoo.org\/?page_id=11263"},"modified":"2025-12-20T11:29:29","modified_gmt":"2025-12-20T10:29:29","slug":"jupyter-notebook-sur-ovh","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/spgoo.org\/?page_id=11263","title":{"rendered":"Jupyter notebook sur OVH"},"content":{"rendered":"\n

Lib\u00e9ration de la m\u00e9moire en python<\/h2>\n\n\n\n

Auteur<\/strong>: Pascal KREZEL<\/p>\n\n\n\n

Cr\u00e9ation<\/strong>: 12\/12\/25<\/p>\n\n\n\n

Contexte<\/strong>: En appliquant l’algorithme de g\u00e9n\u00e9ration de mol\u00e9cules sur le serveur OVH, j’ai constat\u00e9 que j’\u00e9tais rapidement limit\u00e9 au niveau du nombre de fragments pouvant \u00eatre pris en compte. Ainsi, \u00e0 partir de 16 000 fragments dont je cherchais les possibilit\u00e9s de liaison chimique, j’\u00e9tais s\u00fbr que le kernel python allait planter au bout d’un certain temps. En regardant les commentaires sur le sujet, j’ai constat\u00e9 que je n’\u00e9tait pas le premier \u00e0 constater cela. Certains parlaient de probl\u00e8me de “garbage collector” et j’ai essay\u00e9 de voir si je pouvais r\u00e9soudre ce probl\u00e8me.<\/p>\n\n\n\n

R\u00e9alisation<\/strong>: En ajoutant un premier “gc.collect()” apr\u00e8s chaque it\u00e9ration, j’ai constat\u00e9 que d\u00e9sormais tout se passait bien avec 16 000 fragments. J’ai donc pu augmenter le nombre de fragments mais je probl\u00e8me recommen\u00e7ait. Finalement, aujourd’hui, j’applique une “gc.collect()” apr\u00e8s chaque \u00e9tape importante et je suis arriv\u00e9 \u00e0 pouvoir prendre en compte 36 000 fragments sans avoir de probl\u00e8me depuis.<\/p>\n\n\n\n

Conclusion<\/strong>: En python, lorque l’on fait des gros calculs, il y a un risque important de manquer de m\u00e9moire. Pour cela, il faut penser \u00e0 appliquer un “gc.collect()” apr\u00e8s chaque grande \u00e9tape du programme.<\/p>\n\n\n\n

import gc\ngc.collect()<\/code><\/pre>\n\n\n\n
<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
Lib\u00e9ration de la m\u00e9moire en python Auteur: Pascal KREZEL Cr\u00e9ation: 12\/12\/25 Contexte: En appliquant l’algorithme de g\u00e9n\u00e9ration de mol\u00e9cules sur le serveur OVH, j’ai constat\u00e9 que j’\u00e9tais rapidement limit\u00e9 au niveau du nombre de fragments pouvant \u00eatre pris en compte. Ainsi, \u00e0 partir de 16 000 fragments dont je cherchais les possibilit\u00e9s de liaison chimique, […]<\/p>\n","protected":false},"author":4,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"footnotes":""},"class_list":["post-11263","page","type-page","status-publish","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/spgoo.org\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages\/11263","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/spgoo.org\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/spgoo.org\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/spgoo.org\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/4"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/spgoo.org\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=11263"}],"version-history":[{"count":2,"href":"https:\/\/spgoo.org\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages\/11263\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":11322,"href":"https:\/\/spgoo.org\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages\/11263\/revisions\/11322"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/spgoo.org\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=11263"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}