{"id":345,"date":"2024-05-30T18:56:29","date_gmt":"2024-05-30T16:56:29","guid":{"rendered":"https:\/\/spgoo.org\/?page_id=345"},"modified":"2025-07-01T15:09:27","modified_gmt":"2025-07-01T13:09:27","slug":"emolgine-2","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/spgoo.org\/?page_id=345","title":{"rendered":"Emolgine"},"content":{"rendered":"\n

CDA EMOLGINE\u2122 <\/h2>\n\n\n\n

Ressources SPGoO : PK, YS, EE (juin 2024 – juin 2025) <\/p>\n\n\n\n

Constitution d’une Plateforme de traitement et d’extractions de donn\u00e9es autour de solution de type WordPress et de syst\u00e8me de base de donn\u00e9es de type Graphe Neo4J<\/span>. Les biblioth\u00e8ques js utilis\u00e9es pour les pr\u00e9sentations sont jMol, et D3.JS.<\/p>\n\n\n

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Objectif: La plateforme emolgine se veut un outil de ch\u00e9moinformatique en ligne permettant de rechercher des mol\u00e9cules th\u00e9rapeutiques pertinentes. Pour le moment, les outils mis en oeuvre sont:
– un g\u00e9n\u00e9rateur de mol\u00e9cules \u00e0 partir de fragments repositionn\u00e9s,
– une base de donn\u00e9es orient\u00e9e graphe (Neo4J<\/span>),
– wordpress pour la cr\u00e9ation du site,
– javascript pour la programmation du site.<\/p>\n\n\n\n

Avec le concours d’\u00e9tudiants de L3 en informatique \u00e0 Orl\u00e9ans, une premi\u00e8re version d’emolgine a pu \u00eatre r\u00e9alis\u00e9e. Celle-ci utilise une base de donn\u00e9es Neo4J<\/span> contenant :<\/p>\n\n\n\n

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  • Des prot\u00e9ines<\/li>\n\n\n\n
  • Des clusters de mol\u00e9cules<\/li>\n\n\n\n
  • Des sites biologiques<\/li>\n\n\n\n
  • Des mol\u00e9cules<\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n

    L’utilisateur peut ainsi lancer des requ\u00eates et obtenir un r\u00e9sultat sous la forme d’un graphe gr\u00e2ce au module D3.js. <\/p>\n\n\n\n

    Aussi, en cliquant sur le noeud d’une mol\u00e9cule, l’utilisateur peut la visualiser en 2D et en 3D au sein du site de la prot\u00e9ine o\u00f9 elle a \u00e9t\u00e9 g\u00e9n\u00e9r\u00e9e.<\/p>\n\n\n\n

    Enfin, simplement en cliquant sur le noeud d’une prot\u00e9ine, des informations compl\u00e9mentaires peuvent \u00eatre obtenues instantan\u00e9ment \u00e0 l’aide de requ\u00eates envoy\u00e9es sur les sites RCSB et Uniprot. Cela montre que toute information n’ayant pas \u00e9t\u00e9 stock\u00e9e dans la base de donn\u00e9es peut \u00eatre ajout\u00e9e rapidement. <\/p>\n\n\n\n

    Ceci constitue une premi\u00e8re \u00e9tape montrant que les porteurs du projet emolgine ma\u00eetrisent d\u00e9sormais les points suivants:<\/p>\n\n\n\n

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    • La cr\u00e9ation d’une base Neo4J<\/span>,<\/li>\n\n\n\n
    • La cr\u00e9ation d’un site wordpress et sa mise en ligne,<\/li>\n\n\n\n
    • L’interrogation de la base depuis le site,<\/li>\n\n\n\n
    • La pr\u00e9sentation des r\u00e9sultats sous forme de graphes avec le module 3D.js<\/li>\n\n\n\n
    • La pr\u00e9sentation des mol\u00e9cules en 2D et 3D avecles modules jmol et jsmol.<\/li>\n\n\n\n
    • La recherche d’information compl\u00e9mentaire quelconque en javascript.<\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n

      D’autres savoir-faires informatiques vont venir s’ajouter prochainement.<\/p>\n\n\n\n

      Architecture de la plateforme <\/p>\n\n\n

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      Illustration d’une requ\u00eate et affichage des r\u00e9sultats sous D3.js<\/p>\n\n\n

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      Description des fonctionnalit\u00e9s d\u00e9velopp\u00e9es sur le visuel D3.js (\u00e0 compl\u00e9ter)<\/p>\n\n\n\n

      Visualisation d’histogrammes associ\u00e9s aux grandeurs caract\u00e9ristiques des mol\u00e9cules (\u00e0 compl\u00e9ter).<\/p>\n\n\n

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      Une fois la s\u00e9lection des mol\u00e9cules effectu\u00e9e, on peut consulter les caract\u00e9ristiques de chacune en cliquant dessus et en visualisant la fiche correspondante \u00e0 l’aide de JSXGraph. En cliquant sur la structure de la mol\u00e9cule on peut \u00e9galement consulter les propri\u00e9t\u00e9s associ\u00e9es et consulter les annotations \u00e9ventuelles. <\/p>\n\n\n\n

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      Principe des annotations dans Emolgine (\u00e0 compl\u00e9ter)<\/p>\n\n\n

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      Contr\u00f4le et historisation des requ\u00eates (\u00e0 compl\u00e9ter)<\/p>\n\n\n\n

      Visualisation sous JSMOL de repr\u00e9sentations 3D cumul\u00e9es.<\/p>\n\n\n\n

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      Principe de la fusion des fichiers pdb (\u00e0 compl\u00e9ter)
      On ne peut pas cumuler plusieurs fichiers pdb de mol\u00e9cules dans jmol car ils ont tous la m\u00eame num\u00e9rotation des atomes commen\u00e7ant \u00e0 1 d’o\u00f9 des liens suppl\u00e9mentaires entre eux qui g\u00e9n\u00e8rent une confusion dans l’interpr\u00e9tation. Il est donc n\u00e9cessaire de d\u00e9caler cette num\u00e9rotation. Un script php a \u00e9t\u00e9 \u00e9labor\u00e9 pour g\u00e9rer cette situation en prenant du c\u00f4t\u00e9 serveur le ou les fichiers pdb des mol\u00e9cules \u00e0 visualiser et en renum\u00e9rotant tous les atomes et les connexions entre eux \u00e0 partir de 3000. Chaque fichier cumul\u00e9 se voit avec une num\u00e9rotation d\u00e9cal\u00e9e de 50 ce qui permet de s’assurer qu’il n’y a pas de redondance de num\u00e9ro et de permettre ensuite le cumul avec les fichiers pdb de la proteine ou du site. <\/p>\n\n\n\n

      Assistant de requ\u00eatage pour la plateforme Emolgine (\u00e0 compl\u00e9ter)<\/p>\n