Afin de savoir le type de la variable, nous pr\u00e9conisons la r\u00e8gle suivante:<\/p>\n\n\n\n <\/p>\nx,v<\/td> x et v sont utilis\u00e9s avec des variables de type float<\/td><\/tr> i, imax, i1<\/td> i pour nombres entiers indiquant des indiques<\/td><\/tr> n, nmax, nLmol<\/td> n pour nombres entiers associ\u00e9s \u00e0 des quantit\u00e9s<\/td><\/tr> r, r1, r2<\/td> r pour les caract\u00e8res, c \u00e9tant choisi pour les couples d’entiers.<\/td><\/tr> s, s1, s2<\/td> s pour strings (cha\u00eenes de caract\u00e8res)<\/td><\/tr> c, c1<\/td> c pour couple d’entier ou tuple de longueur 2<\/td><\/tr> p, p1, p2, …<\/td> p pour vecteur numpy de dimension 1 indiquant la position d’un \u00e9l\u00e9ment dans un espace de dimension n.<\/td><\/tr> df, dfi, df1<\/td> df pour dataframe<\/td><\/tr> mol<\/td> mol pour mol\u00e9cule rdkit<\/td><\/tr> L, Li, Ln, Lmol, Ls, Lp, Lc, LL, LLLi…<\/td> L pour liste. LLLi est une liste de liste de liste d’entiers. Ls est une liste string. Lp est une liste de points.<\/td><\/tr> T, Ti, TT, …<\/td> T pour untuple (liste de valeurs de longueur flig\u00e9e)<\/td><\/tr> Gx, Gx1, …<\/td> Gx pour objet graphe avec Networkx<\/td><\/tr> Gn, Gn1, …<\/td> Gn pour objet graphe avec Neo4J<\/span><\/td><\/tr> V, Vfp<\/td> V pour vecteur numpy de dimension 1 comme les Vfp, vecteur de fingerprint.<\/td><\/tr> Mn<\/td> Mn pour une matrice quelconque de type numpy.<\/td><\/tr> Mp<\/td> Mp pour matrice de points<\/td><\/tr> Mc<\/td> Mc pour une matrice de couple d’entiers
Mcv si une valeur enti\u00e8re est ajout\u00e9e \u00e0 droite<\/td><\/tr>D, D1, Dc_Lmol, Dshash_Lmol<\/td> D pour dictionnaire. Dc_Lmol indique un dictionnaire dont la cl\u00e9 est un couple d’entier et la valeur un liste de mol\u00e9cules rdkit. Dshash_Lmol correspond \u00e0 un dictionnaire ayant un shash_atom<\/span> en cl\u00e9 et une liste de mol\u00e9cules en valeurs.<\/td><\/tr> S, Si, Smol, ST, ..<\/td> S pour set (ensemble non ordonn\u00e9 sans r\u00e9p\u00e9tition)<\/td><\/tr> with_rdkit, with_Mp<\/td> with_* pour d\u00e9finir un bool\u00e9en indique l’utilisation ou non d’une m\u00e9thode ou d’un \u00e9l\u00e9ment pour r\u00e9aliser un traitement.<\/td><\/tr><\/tbody><\/table><\/figure>\n\n\n\n Principe de nommage des fonctions<\/h2>\n\n\n\n
bw<\/td> bw est utilis\u00e9 dans les fonctions indiquant une comparaison entre 2 objets.
ex: get_Mcv_bw_Mp , fonction cherchant les couples de points contenus dans 2 Mp, s\u00e9par\u00e9s d’une distance entre dmin et dmax.<\/td><\/tr>from <\/td> from est utilis\u00e9 dans les fonctions indiquant une comparaison au sein d’un m\u00eame objet.
ex: get_Mcv_from_Mp , fonction cherchant les couples de points contenus dans Mp, s\u00e9par\u00e9s d’une distance entre dmin et dmax.<\/td><\/tr>select<\/td> select est utilis\u00e9 avec les fonctions faisant un travail de s\u00e9lection commencent par select.
ex: select_Lmol_by_prop<\/td><\/tr>get<\/td> get est utilis\u00e9 avec les fonction g\u00e9n\u00e9rant quelque chose de nouveau en sortie.
ex: get_LLmol_same_from_Lmol, fonction g\u00e9n\u00e9rant une liste de liste regroupant les mol\u00e9cules identiques ensemble.
ex: get_Lprop_from_mol, fonction renvoyant les propri\u00e9t\u00e9s associ\u00e9es \u00e0 une mol\u00e9cule rdkit<\/td><\/tr>load<\/td> load est utilis\u00e9 pour d\u00e9finir des fonctions li\u00e9es \u00e0 la lecture de fichiers.
ex: load_Lmol_from_sdf<\/td><\/tr>show<\/td> show est utilis\u00e9 avec les fonctions permettant d’afficher des objets:
ex: show_Lmol pour affichcer une liste de mol\u00e9cules
ex: show_Gx pour afficher un graphe networkx<\/td><\/tr>with<\/td> with est utilis\u00e9 pour pr\u00e9ciser un nom de fonction ou de variable (alors boul\u00e9en) li\u00e9 \u00e0 un outil ou une m\u00e9thode
ex: with_rdkit = True
ex: get_mol_neutralized_with_dimorphite : fonction qui renvoie une mol\u00e9cule neutralis\u00e9e en utilisant la m\u00e9thode propos\u00e9e par Dimorphite-dl.<\/td><\/tr>by<\/td> by est utilis\u00e9 pour pr\u00e9ciser le nom d’une fonction faisant un traitement bas\u00e9 sur une propri\u00e9t\u00e9 particulier:
ex: sort_Lmol_by_nat, fonction qui trie Lmol par nombre d’atomes.<\/td><\/tr>sort<\/td> sort est utilis\u00e9 avec les fonctions r\u00e9alisant un tri
ex: sort_Lmol_by_prop, fonction triant les mol\u00e9cules en fonction d’une de ces propri\u00e9t\u00e9s.<\/td><\/tr>fuse<\/td> fuse est utilis\u00e9 avec les fonctions r\u00e9alisant une fusion d’\u00e9l\u00e9ments
ex: fuse_LL_in_L, fonction fusionnant une liste de listes en une liste
ex: fuse_LM_in_M, fonction fusionnant une liste de numpy arrays en un numpy array<\/td><\/tr>split<\/td> split est utilis\u00e9 avec les fonctions r\u00e9alisant une d\u00e9composition d’un \u00e9l\u00e9ments en un liste d’\u00e9lements
ex: split_L_in_LL, fonction d\u00e9composant une liste en une liste de listes.<\/td><\/tr><\/tbody><\/table><\/figure>\n\n\n\n