JBrowse2 – Exploration
Description des actions et des retours d’expérience dans la pratique de JBrowse2. Notre démarche dans cette expérimentation tes la suivante pour s’approprier du potentiel qu’offre cette solution et de les partager.
Explorations des plugins :
L’installation de ces plugins se fait directement à partir de l’interface web. On se propose plugin par plugin d’effectuer l’installation et d’évaluer dans notre contexte la pertinence et l”apport de ces plugins.
▼ Analyse et exploration des Plugins
MsaView de Colin Diesh
Description : multiple sequence alignment browser plugin for JBrowse 2INSTALL
GDC Garrett Stevens, Colin Diesh, Rob Buels, Caroline Bridge
Description : JBrowse 2 plugin for integrating with GDC resourcesINSTALL
Quantseq Elliot Hershberg
Description : External JB2 plugin implementing a QuantitativeSequence track for displaying base-resolution models.INSTALL
GWAS Colin Diesh
Description : Plugin for displaying GWAS results such as manhattan plot renderingsINSTALL
UCSC Colin Diesh
Description : A JBrowse 2 plugin for accessing the UCSC APIINSTALL
Biothings Colin Diesh
Description : Adapts to APIs like mygene.info to get super rich gene annotationsINSTALL
Ideogram Colin Diesh, Caroline Bridge
Description : JBrowse 2 plugin for rendering ideogramsINSTALL
CIVIC Colin Diesh
Description : JBrowse 2 plugin for fetching data from the CIVIC clinical interpretation of cancer variantsINSTALL
ICGC Caroline Bridge
Description : JBrowse 2 plugin to integrate resources from the ICGCINSTALL
Reactome Caroline Bridge
Description : JBrowse 2 plugin to integrate resources from ReactomeINSTALL
MultilevelLinearView Caroline Bridge
Description : JBrowse 2 plugin that adds a linear genome view that can show multiple zoom levelsINSTALL
TrackHubRegistry Colin Diesh
Description : JBrowse 2 plugin that adds ability to connect to hubs from the trackhub registry. Note: only for use with v2.3.0 or greaterINSTALL
RefGet Emilio Righi
Description : JBrowse 2 plugin that adds ability to retrieve sequences from refget API compliant serversINSTALL
Linkout NAL-i5K
Description : JBrowse 2 plugin that links out to feature page based on dbxrefINSTALL
MafViewer Colin Diesh
Description : View multiple alignment format (MAF) files as tracksINSTALL
Protein3d Colin Diesh
Description : View 3-D protein structures in JBrowse 2INSTALLpartie masquée
Insertion et manipulations de fichiers de données : ajout de Tracks
L’objectif de cette étape est de voir lors de l’insertion de nouvelles données, les pré-requis de la solution et les formats acceptés. De montrer le processus utilisé et la conservation ou pas de l’environnement associé à la session de l’utilisateur. On ne profitera pour évaluer du côté serveur les ressources à mettre en face pour garantir des temps de réponse acceptables.
Possibilité de travail en groupe sur des mêmes données
Dans cette partie l’objectif est dévaluer le travail à plusieurs sur un même contexte et de voir que la solution offre cette possibilité de travail à plusieurs sur des mêmes données.
Quelles sont les possibilités de développement autour de ce type de solution
Cette partie sera dédiée pour l’évaluation et l’ajout éventuel de fonctionnalités dans la solution. Plusieurs étapes pour répondre à de nouveaux besoins des utilisateurs : demander à la communauté de JBrowse si il est prévu ou à prévoir ce type de développement, ou si on investit du temps pour entreprendre ce type de travail. Cela va dépendre des différentes demandes des chercheurs lors de leur manipulation.